Son histoire

Dans les marais, git un bateau. A bord de ce bateau, une jeune fille monte discrètement sur le pont et jette une bouteille à l'eau.

Cette bouteille contient un message HELP et parcourt la mer déchaînée avant d'échouer près d'une bouche d'égout, elle sera découverte par un couple de souris.

A New York, c'est le rassemblement de l'Organisation des Nations Unies pour les humains. Et aussi pour les souris, la réunion se déroule dans une bouche d'égout. Bernard, une souris grise, balaie l'entrée de la salle; Bianca, une jolie souris blanche, arrive en retard à la réunion. Bernard débouche la bouteille et sort le message mais se retrouve au fond de la bouteille. Après une lecture difficile puisque la feuille est mouillée, les souris décident de porter secours à le jeune Penny. Bianca se porte volontaire et choisit Bernard comme compagnon de voyage.

Tous les deux, ils parcourent la ville sous la pluie pour arriver à l'orphelinat de Morning Side. Ils cherchent les affaires de l'orpheline Penny pour y chercher des indices. Un chat n'est pas loin et entend les deux souris mais ne leur veut pas de mal, c'est Rufus. Il répond aux questions de Bernard sur Penny. Lors de son dernier jour à l'orphelinat, elle était triste et venait d'être adoptée par une certaine Médusa.

Dans le magasin de Medusa, nos deux souris y cherchent de nouveaux indices et tombent sur un livre. Mais le téléphone qui sonne les fait se cacher. Une femme rousse, Médusa, débarque et répond à l'appel mais devient vite furieuse et décide de rejoindre l'appelant Mr Snoops. Elle fait sa valise, Bernard s'y cache, Bianca auusi avec du mal. A l'aéroport, Bernard et Bianca rejoignent l'Albatros Air Service. Orville l'albatros fait un atterrissage catastrophique, ce qui fait douter Bernard. Les souris montent sur le dos d'Orville et s'installent dans la boite à sardines. Le voyage commence, direction Bayou.

Dans les marais, Penny tente de s'enfuir et s'enfonce dans les bois. Médusa s'aperçoit de son absence et envoie ses deux crocodiles la chercher. Elle monte à bord de son véhicule submersible et tente de la retrouver. Mr Snoops lance une fusée de feu d'artifice pour faire repérer la position du bateau, ce qui affole Orville. Les souris évitent la chute grâce au parapluie de Bianca. Ils sont accueillis par un couple de souris, Luke un saoulard et Annie. Médusa est toujours à la recherche de Penny qui continue de courir sous les yeux des quatre souris. Ils voient surtout les deux crocodiles emportant Penny et son nounours dans leurs machoire. Vite, Bernard et Bianca veulent l'aider et grâce à Evinrude, la libellule asthmatique qui conduit une feuille en guise de canot, la poursuivent.

Après un voyage mouvementé, ils arrivent au bateau où Mr Snoops se réjouit du "retour" de Penny. Medusa est prévenue par les feux d'artifice venant du bateau, elle y accourt vite avec colère. Les deux souris suivent la conversation entre Médusa et Mr Snoops sur les pierres précieuses, Médusa possède beaucoup de pierres et de bijoux mais elle veut le gros diamant. Les souris seront repérées par les crocodiles et tentent de leur échapper en se cachant dans l'orgue. Mais l'un des deux crocodiles appuie sur les touches les faisant sortir pendant que l'autre tente de les attraper. Alertée par le bruit, Médusa va les voir au moment où Bernard se retrouve dans la machoire d'un crocodile. Sous la colère de leur maîtresse, il le laisse partir malencontreusement, ce qui fait paniquer Médusa. Bernard et Bianca quittent le bateau et réflechissent.

Penny enfile son pyjama et va voir Médusa dans sa chambre. Peinée par les propos de Médusa, elle monte sur le pont et pleure. Les souris l'aperçoivent et montent la rejoindre. Ils la surprennent en train de prier. Ils la rassurent en disant avoir trouvé son mot et en voulant l'aider à quitter Médusa. Tous les trois, ils réflechissent à un plan. Bernard envoie Evinrude chercher Luke mais poursuivie par les chauves-souris, elle se réfugie dasn une bouteille. Pendant ce temps-là, un comité s'est rassemblé chez Luke et Annie.

Mr Snoops tire Penny par le bras en gravissant des rochers. Elle doit descendre dans le trou à l'aide du seau et ramener la pierre précieuse. Pour qu'elle obéisse, Médusa lui confisque son nounours. Avec ses deux nouvelles amies dans sa poche, Penny parcourt la grotte. Une légère vibration les mène à un autre trou qu'ils doivent franchir. Au delà de ce trou, dans un crâne étincelle le gros diamant. Bernard et Bianca tentent de le sortir du crâne mais échouent. Penny essaie à son tour, malgré le geyser d'eau qui inonde de temps en temps la grotte. Tous les trois courent vers le seau avec le diamant. A peine remontée, Médusa s'en empare, le cachant à Mr Snoops. Ils retournent tous au bateau.

Evinrude vole vite vers la maison de Luke, toujours poursuivie et y entre par la cheminée. Remise sur pied par une goutte d'alcool, elle mène la troupe vers le bateau.

Médusa a gardé le nounours et y a caché le diamant à l'intérieur. Menaçant Mr Snoops et Penny avec sa carabine, elle trébuchera contre un fil tendu par Bernard. La troupe de petits animaux les attaquent pendant que Penny s'enfuit du bateau et tente de faire démarrer l'auto. Les crocodiles sont emprisonnés dans la cage grâce à Bernard et Bianca.

Grâce à la bouteille d'alcool de Luke qu'il déversera dans le réservoir, l'auto démarre, Penny échappe de sa "prison" et retourne en ville. Grâce à la télé, les souris apprennent que Penny a retrouvé une famille d'accueil plus sympathique. Evinrude porte un autre message de détresse au comité. Bernard et Bianca se portent à nouveau volontaires. mais on est vendredi 13...